近年来植物发酵活性物质的应用和添加也是化妆品发展方向之一。植物原料中含有多糖、黄酮等多种活性成分，化妆品中加入这些原料可以使其具有良好的保湿、美白、抗炎、抗衰老等功效。但是，由于提取工艺具有一定的局限性，有时其功效尚未完全利用。通过研究发现，使用发酵工艺，可以使植物原料中的活性成分有效地保留下来，起到富集的作用，让原料功效得到更好的利用。这是因为微生物中含有某种酶类，可以将植物原料的细胞壁及细胞间质中的纤维素、半纤维素等物质降解，从而使植物细胞破裂、细胞间隙增加并减小有效成分从胞内向提取介质中扩散的传质阻力，大大提高了功效成分的提取率。

生物发酵过程可以富集原材料的有效成分，产生出新的功效。相比传统的物理、化学等提取手段，生物发酵技术通过有目地选择菌种、对发酵条件进行控制、调节代谢途径并阐述发酵产物的功效机理，能够更大幅度地对有效成分进行转化和修饰，从而改进并优化原有功效成分性状；微生物转化的温和条件也可以在发酵过程中最大限度地减少对有效成分的破坏，因此对化妆品的功效性起到促进作用。研究发现，提取沉香挥发油过程中，传统方法，如水蒸气蒸馏法、微波法、超临界流体萃取法、酶提法等得油率不高，效率偏低。为了解决这个问题，弓宝等以海南本地沉香进行自然发酵，通过优化发酵条件，精油得率可提高0.1292%。胶原蛋白多肽是以胶原蛋白为原料，利用酶解法或微生物发酵法生产的多肽产品，广泛用于化妆品。

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